Les œuvres et les monuments sauvegardés grâce à l'action de la Société sont regroupés au sein d’un musée. Et, de fait, au fil des découvertes, la Société va collecter, grâce à un vaste réseau de correspondants, d'innombrables objets issus de nombreuses localités de la région, allouant également sur son budget de petites gratifications aux agents de collecte les plus actifs ou finançant le transport des monuments les plus remarquables jusqu'à son siège, à Strasbourg.
Les vestiges recueillis dans les décombres du Temple-Neuf sont installés par le président Straub dans les locaux de l'ancienne Académie en 1882. Ils y sont rapidement rejoints par les nouvelles trouvailles, en particulier les monuments funéraires (dont la célèbre stèle du légionnaire Caius Largennius) découverts à Koenigshoffen et le riche mobilier mis au jour par les fouilles du chanoine Straub dans la nécropole gallo-romaine tardive de la Porte Blanche. Une école ménagère devant être établie dans l'ancienne Académie, les collections sont une nouvelle fois contraintes de déménager. C'est ainsi qu'elles furent logées en 1896 dans l'une des ailes du Palais Rohan où elles intègrent les anciennes écuries et la cour attenante - alors sur-bâtie - du Palais Rohan, où elles voisinent avec le Musée des Beaux-Arts qui va être installé trois ans plus tard au premier étage du palais.